تحقیق در زیست شناسی غالبا بر پایه آزمایش با مواد استوار است؛ در حالی که در ریاضیات زیستی، آزمایش ها دارای ماهیت نظری است. یک ضرورت اصلی به کار بردن ریاضیات در سیستم های زیستی، توانایی ساخت مدل های ریاضی است. این مدل ها، سیستم های ریاضی هستند که برهم کنش های پیچیده دستگاه های زیستی را با روشی ساده ارایه می کنند تا تحلیل ویژگی های آن راحت تر صورت گیرد. در حقیقت، ریاضیات در اکثر شاخه های زیست شناسی به کار می رود. شمارش تعداد ساختارهای RNA، یک روش ترکیباتی در ریاضیات زیستی است. در این مقاله، ساختارهای RNA به صورت گراف، مدل سازی شده است. دو پارامتر روی این مدل در نظر می گیریم. یکی از آن ها، طول یال است که متناظر با پیوند هیدروژنی است. دیگری، تعداد یال های دو به دو متقاطع است که تقاطع یال ها متناظر با وجود شبه گره در ساختار RNA است. حال با توجه به این دو پارامتر، ساختارهای RNA را طبقه بندی و شمارش می کنیم.